En 1871 participó en la revolución del general Agustín Morales contra el presidente Mariano Melgarejo, y al año siguiente regresó a Jujuy, donde fue nombrado juez.

El nuevo gobernador, Antonio Mas Oller, lo nombró su ministro de gobierno y hacienda.

Éste obedeció en parte, y las tropas que quedaron en la capital intentaron derrocar al gobernador.

Para intentar pacificar la provincia reemplazó a los funcionarios nombrados por Álvarez Prado y Aparicio por otros que no hubieran participado en las facciones enfrentadas; casi todos eran salteños, con excepción de unos pocos bolivianos.

El inusual experimento llevó a una guerra civil que terminó al año siguiente, tras las sucesivas deposiciones de tres gobernadores.

Al estallar la Revolución de 1880 se pronunció por el bando rebelde, dirigido por el gobernador porteño Carlos Tejedor.