En Estrasburgo estableció contacto con un veterano abogado, Nikolaus Gerbel (se encontraron en persona en 1519).Después sirvió durante ocho años como cabeza del colegio carmelita en Estrasburgo.En 1532 empezó a trabajar como médico en Berna, donde se quedó hasta el final de su vida.Tras sus numerosos trabajos teológicos, Brunfels publicó tratados en pedagogía, Lengua Árabe, farmacéutica y botánica.En estas obras el interés y la justeza de las ilustraciones son mejores que los textos.
