En Estrasburgo estableció contacto con un veterano abogado, Nikolaus Gerbel (se encontraron en persona en 1519).

Después sirvió durante ocho años como cabeza del colegio carmelita en Estrasburgo.

En 1532 empezó a trabajar como médico en Berna, donde se quedó hasta el final de su vida.

Tras sus numerosos trabajos teológicos, Brunfels publicó tratados en pedagogía, Lengua Árabe, farmacéutica y botánica.

En estas obras el interés y la justeza de las ilustraciones son mejores que los textos.