En 1997 BAe se unió al equipo de Lockheed Martin para el desarrollo del X-35 Joint Strike Fighter.
La consolidación del negocio militar se convirtió en asunto prioritario en 1998, después de analizar numerosos informes acerca de fusiones entre varios grupos armamentísticos europeos; principalmente entre ellos pero también con empresas americanas (por ejemplo la empresa pública española Santa Bárbara con la norteamericana General Dynamics).
Se preveía desde hace tiempo que BAe se iba a fusionar con la alemana DASA para formar un gigante aeroespacial paneuropeo, sin embargo BAe escogió en su lugar unirse a la filial de defensa electrónica de General Electric, Marconi Electronic Systems.
La compañía, llamada inicialmente "New British Aerospace", fue oficialmente fundada el 30 de noviembre de 1999 y conocida como BAE Systems (así se hace menos patente su carácter extranjero, algo necesario para aspirar a contratos y adjudicaciones en los Estados Unidos).
Siguiendo esta decisión, DASA se fusionó con Aerospatiale para crear European Aeronautic Defence and Space Company (EADS), grupo al que se uniría posteriormente (diciembre de 1999) la española Construcciones Aeronáuticas SA.