Estudió Cine en la Universidad Sorbona Nueva-París 3 y artes visuales en la École nationale supérieure d'arts de Paris-Cergy.

En 2005 ganó el Premio Documental Louis Lumière concedido por el Film Office del Ministerio de Asuntos Exteriores francés.

Al año siguiente recibió el Videobrasil Residency Award y en 2010 el Villa Médicis Hors-les Murs.

[12]​ Entre 2011 y 2013, Khalili fue fellow del Vera List Center for Art and Politics.

[15]​[16]​ También fue galardonada con el "Abraaj Group Art Prize", (2014)"[17]​ y el "Sam Art Prize 2013-2015", Sam Art Projects, París;[18]​ Recibió la "Beca del Instituto Radcliffe", Instituto Radcliffe de Estudios Avanzados, Universidad de Harvard (2017-2018);[19]​ En 2018 fue una de las finalistas del Premio Hugo Boss del Guggenheim, cuya ganadora fue la artista estadounidense Simone Leigh.