Los primeros asentamientos permanentes se produjeron en la época romana, cuando los conquistadores crearon un Vicus construido en la división territorial denominada: «Pagus Fortunensis».
Con la caída del Imperio Romano, Bottanuco fue objeto de las invasiones bárbaras, que saquearon y aterrorizaron la población.
Posteriormente el territorio fue invadido por los francos, los cuales destituyeron el Santo Imperio Romano y dieron vida al feudalismo.
La serenísima República, trató de mejorar la condición social y económica de la población, hasta entonces sometidos a una dura prueba debido a las luchas, como son: el hambre y la pestilencia, tanto que la isla se llamaba «el triángulo del hambre».
En este sentido es muy clara la descripción escrita en un documento de la época: «Qui non vi sono trafichi nè mercantie, le persone sono povere lavoradori da terre et bracenti, quali non raccogliono a pena grani per il loro vivere; et questi non hanno alcun privileggio ma sottoposti a tutte le gravezze et a datii...» Después de los venecianos (en 1797) tomó el poder la República Cisalpine, pronto sustituida, en 1815, por los austriacos, que integraron este municipio al Reino Lombardo-Veneto.