Boris Ephrussi emigra a Francia en 1920, donde comienza sus investigaciones en el Instituto de biología físico-química (IBPC).
De origen judío, vuelve a Estados Unidos (Johns Hopkins University) durante la Segunda Guerra Mundial.
Terminada la guerra vuelve a Francia, donde trabaja en el CNRS de Gif-sur-Yvette.
Boris Ephrussi es uno de los fundadores de la genética del desarrollo.
Realizó experimentos sobre los pigmentos de los ojos de Drosophila con el objetivo de "tender un puente entre la embriología causal y la genética".