El primer nombre registrado de la ciudad fue Boknæs, que significa "punta con hayas" y aparece en 1327.

Hacia finales del siglo XIII Bogense obtuvo los privilegios de ciudad comercial (købstad).

Su fértil zona agrícola le valió además ser exportadora de cereales y ganado vacuno.

La prosperidad se interrumpió bruscamente en 1575 cuando un incendio redujo la ciudad a cenizas.

Éste se fusionó en 2007 con otros dos para formar el nuevo municipio de Nordfyn, del que Bogense fue elegida capital.