Eugenio Alejandrino luego tendría destacada actuación en la Guerra del Chaco.
Terminado el ciclo secundario, Garay cursó sus estudios universitarios en Derecho y Ciencias Sociales.
El presidente Juan Bautista Egusquiza lo envió en una misión diplomática a Europa con el objetivo de investigar en el Archivo General de Indias todo lo atinente a títulos, cédulas, provisiones y mapas que justificaran la posesión paraguaya del Chaco Boreal.
Antes de realizar su viaje, Garay contrajo matrimonio con María Antonia Valdovinos con la que tendría dos hijos: Blas Garay Valdovinos, quien fue secretario privado del presidente Manuel Gondra, y Juan Manuel Garay (hijo póstumo), que alcanzaría el grado de coronel y fue jefe de Estado Mayor del Ejército paraguayo durante la Guerra del Chaco, bajo el comando del entonces general José Félix Estigarribia.
A su vuelta de España, en el año 1898, Garay funda el vespertino La Prensa.