Pasadas las elecciones ambos bandos se acusaron mutuamente de fraude electoral y estalló la guerra civil resultando vencedor el bando del Ejército de Liberación Nacional liderado por José Figueres Ferrer y aliado al presunto ganador de las elecciones Otilio Ulate Blanco del conservador Partido Unión Nacional y a otros sectores como la Legión del Caribe conformada por militantes extranjeros.
Figueres entregó el poder a Ulate y se redactó una nueva constitución que entró en vigencia en 1949.
Las primeras elecciones tras el golpe se dieron en 1953, resultando ganador Figueres quien había sido brevemente presidente de facto tras la guerra civil.
En este momento el único contrincante de Figueres fue Fernando Castro Cervantes del Partido Demócrata (uno de los aliados de Figueres durante la guerra), el calderonismo estaba casi proscrito y no pudo participar y el comunismo era totalmente ilegal pues la misma Constitución estipulaba tal cosa y se castigaba con cárcel la militancia en partidos comunistas.
El comunismo seguía proscrito y de hecho Echandi mismo era denotadamente anticomunista.
Aunque la izquierda seguía prohibida existían algunas opciones menores de centro-izquierda socialdemócrata separadas del PLN.
Finalmente gana Orlich con más del 50% de los sufragios, Calderón recibe 33% y Ulate 9%.
Pero estas elecciones han sido las más polarizadas en la historia del país si se toma en consideración que solo hubo dos candidatos presidenciales.
En las elecciones de 1970 nuevamente se da una fuerte polarización, los dos candidatos presidenciales principales son José Figueres del PLN y Mario Echandi del PUN, ambos tratando de obtener la reelección (que en Costa Rica no es consecutiva).
Hubo otros candidatos menores y, por primera vez desde 1948, la izquierda pudo presentar candidato mediante el Partido Acción Socialista fundado por un disidente liberacionista y que no fue anulado por el Tribunal Supremo de Elecciones gracias a que no era oficialmente marxista, pero en él militaban (e incluso fueron elegidos diputados) figuras que provenían del Partido Comunista como Manuel Mora y Arnoldo Segura Ferreto.
La izquierda en esta época ya es legal de nuevo, Vanguardia Popular puede inscribirse como partido una vez más y juntos con el PSC y otras fuerzas menores conforman la coalición Pueblo Unido, su candidato Rodrigo Gutiérrez Sáenz obtiene 2% y es el tercero más votado (los demás tuvieron menos del 1%) lo que va definiendo una polarización bipartidista.
Otros partidos como Movimiento Libertario (liberal) y Renovación Costarricense (cristiano) solo conseguían un diputado.
[11] El término comenzó a usarse aproximadamente en las elecciones de 1998 por la población inconforme, y por políticos como Otto Guevara Guth del Movimiento Libertario durante su campaña electoral.
Considerada la nueva "segunda fuerza" el Partido Acción Ciudadana,[12] el presidente del PLN, Francisco Antonio Pacheco, le dijo al PAC "Bienvenidos al bipartidismo" a lo que la presidenta del Partido Acción Ciudadana, Epsy Campbell Barr respondió: "Existió un PLUSC pero no existirá un PLAC, Yo más bien le diría al PLN: bienvenido este país a la nueva era del multipartidismo, con un PAC como la fuerza más importante y un PLN en sus últimas jornadas".
Esto sumado a una serie de acuerdos y pactos entre los dos grandes partidos (como el muy polémico «Pacto Figueres-Calderón»[18]) y sus semejanzas en ciertas políticas como los ajustes estructurales, llevó a sentir a sectores importantes de la población que eran “una misma cosa” y que uno no era realmente oposición al otro, incluso generando el término despectivo PLUSC.
El PLN sufre su peor derrota en la historia obteniendo 33% de los votos (por primera vez no alcanzó al menos el 40%) con su candidato Rolando Araya mientras el candidato del PUSC, Abel Pacheco, era contrario a la tendencia calderonista y había ganado la convención socialcristiana aún sin ser apoyado por Calderón ni la estructura del partido controlada por éste.
La candidata liberacionista Laura Chinchilla obtiene 45% de los votos, Solís del PAC 26% y Guevara 20%.
Además a partir de 2006 sería común que la Asamblea queda tremendamente fragmentada con más de ocho fracciones, algunas unipersonales, otras con cuarto o cinco diputados y otras más grandes pero ninguna con mayoría absoluta.
[21] Es durante este período en que por lo general se acepta que el sistema político costarricense es ahora diverso y multipartidista, si bien la mayoría de los votos se decantan por cuatro o cinco opciones principales, no puede decirse que ningún partido sea realmente “mayoritario” y a diferencia del período bipartidista los candidatos de partidos emergentes tienen la posibilidad de ganar las elecciones con una buena campaña.
Algunos autores han disputado que en Costa Rica se rompiese el bipartidismo y consideran que la mentalidad del votante sigue siendo bipartidista aunque el voto se disperse en varios partidos.
Una de las principales críticas que le hacen actualmente al PLN tanto internas como por la oposición es haber girado a la derecha y haber perdido el rumbo socialdemócrata volviéndose neoliberal, si bien estas fueron particularmente fuertes hacia la tendencia del arismo que gira en torno a los hermanos Arias Sánchez.
Por otro lado solo el PLN ha sido capaz de reelegir presidentes (Figueres y Arias) no así la oposición pues Ulate, Calderón Guardia y Echandi lo intentaron sin éxito Según Picado León en El proceso de selección de candidatos a presidente y diputados En el PLN y el PUSC (1990-2006) otro aspecto curioso es que el liderazgo en el sector político calderonista es más uniforme pues siempre ha girado en torno a un líder determinado (Calderón) mientras en el PLN aunque Figueres Ferrer fue una figura de respeto e importancia, siempre han existido distintas facciones y subgrupos más o menos independientes entre sí o enfrentados que no necesariamente respondían al figuerismo, lo que en procesos de convención interna causaban enfrentamientos más duros que podían hacer más desgaste al partido.