Las bibliotecas BioJava son útiles para la automatización de muchas tareas cotidianas y mundanas de la bioinformática como para analizar un archivo PDB , interactuando con Jmol y muchos más.
Estructuras proteicas: biojava-structure, biojava-alignment Optional module: biojava-structure-gui for the 3D visualisation Optional external library : JmolApplet.jar for the 3D visualisation Alineamientos: biojava-alignment, biojava-core, biojava-phylo Required external library: forester.jar Genomas: biojava-genome.
Identificación de Proteínas Modificadas: biojava-modfinder, biojava-structure Llamadas a Web-Services: biojava-core, biojava-ws Este módulo ofrece clases Java para modelar secuencias de aminoácidos o nucleótidos.
Un cambio importante entre el proyecto BioJava Legacy y BioJava3 radica en la forma que ha sido diseñado el framework para aprovechar las últimas innovaciones en Java.
Los dos últimos enfoques ahorran memoria al no cargar datos de la secuencia hasta que se hace referencia en la solicitud.
Algoritmo FATCAT para la alineación del cuerpo flexible y rígido.
[17] Una nueva versión de la CE que puede detectar permutaciones circulares en las proteínas.
El equipo afirma que se está trabajando para mejorar la interacción con los viewers de RCSB PDB.
[24] A continuación se muestra un esquema del código para inicializar una ventana que mostrará y comparará dos secuencias de proteínas.
Para hacer este trabajo tendrá que importar el paquete correcto en "org.biojava.bio.structure" y también añadir manejar excepciones utilizando un bloque try-catch.
El código alinea las dos secuencias de proteínas "4hhb.A" y "4hhb.B" basado en el algoritmo rígido FATCAT.
Para las muestras sobre el uso de este módulo por favor haga clic aquí (http://biojava.org/wiki/BioJava:CookBook3:FASTQ).
[31] Las salidas de ambos alineamientos locales y globales están disponibles en formatos estándar.
Las propiedades que pueden ser calculadas usando este módulo son los siguientes: Los pesos moleculares precisos para los aminoácidos comunes marcados isotópicamente se incluyen en este módulo.
El tercer y cuarto ejemplo demuestran la facilidad con que se pueden obtener las regiones desordenadas de la proteína.
De acuerdo con las tendencias actuales en la bioinformática, herramientas basadas en web están ganando popularidad.
Existen proyectos similares a BioJava, los proyectos de código abierto como BioPerl, BioPython y BioRuby todos proporcionan kits de herramientas con múltiples funcionalidades que hacen que sea más fácil para crear pipelines o análisis personalizados.
Como el nombre sugiere, los proyectos mencionados anteriormente utilizan diferentes lenguajes de programación.
Todas estas APIs ofrecen herramientas similares, por lo tanto, ¿Qué criterios se deberían tener en cuenta en la elección?.
En general, para los programas pequeños (<500 líneas) que serán utilizadas únicamente por un pequeño grupo o de forma individual, es difícil de superar a Perl y a BioPerl.
Para aquellos que pudieran estar inclinado hacia una carrera en la bioinformática y que quieren aprender un solo idioma, Java cuenta con el apoyo de programación general más amplia, muy buen apoyo en el dominio Bio con BioJava, y ahora es el idioma de facto del negocio.