Sin embargo, debido a las muchas carencias del lugar, el aeropuerto no fue considerado de interés.Las tareas de construcción comenzaron durante la guerra civil española y durante ese tiempo y hasta junio de 1937 el aeropuerto fue utilizado como base para actividades militares.Dos años más tarde, la terminal, llamada Carlos Haya en homenaje al conocido piloto bilbaíno, comenzó a dar servicio.En los inicios de los años setenta, cuando se hizo evidente su insuficiencia, hubo una fuerte polémica sobre su mantenimiento en este emplazamiento, trasladarlo a otro o incluso que centralizar todo en el Aeropuerto de Vitoria.En 1975, la pista modificó su numeración original a la actual 10/28 debido al cambio de declinación magnética.La nueva pista modificó la orientación de la primera, para una mejora operativa del aeropuerto, y así, evitar molestias en los municipios colindantes que, debido al crecimiento demográfico del área, estaban cada vez más cerca de sus instalaciones.La nueva terminal tiene una superficie construida de 32.000 m² (340.000 pies²) divididos en tres plantas principales (Nivel 0 = Llegadas • Nivel 1 = Salidas • Nivel 2 = Oficinas) que dan cabida a todos los servicios de pasajeros y con un diseño diáfano y espectacular que ha hecho que esté considerada una de las 10 terminales aeroportuarias más bonitas del mundo.[19][20][21] Tarifa según taxímetro, la duración del viaje es, aproximadamente, de entre 10 y 15 minutos desde Bilbao.Autovía BI-631 Salida 11 (desde Bilbao, por los Túneles de Artxanda se llega al Aeropuerto en 10 o 15 minutos).Las empresas de alquiler de coches presentes en la terminal son Avis, Budget, Europcar, Enterprise y Sixt, y atienden a los clientes directamente en sus oficinas situadas en el aparcamiento.[26][25] La actual terminal aeroportuaria, inaugurada el 19 de noviembre del 2000, fue concebida por el arquitecto valenciano Santiago Calatrava.Sin embargo, las antiguas instalaciones se aprovecharon para mejorar el conjunto del aeropuerto.
