En diciembre de 1969, el aeropuerto se cerró al tráfico para proceder a una nueva prolongación hasta los 1754 metros.

Aun así en la prensa de la época hay constantes referencias a las limitaciones del aeropuerto y la necesidad de su ampliación o incluso otra ubicación, para lo cual incluso sectores empresariales guipuzcoanos pagaron en 1972 un estudio que abogó por trasladarlo a Usúrbil.

Por todo ello, el partido Verde propone además la supresión del aeropuerto.

[5]​ En agosto de 2017, el aeropuerto donostiarra ejecutó las obras por las que tuvo que recortar su pista 300 metros para cumplir la norma de seguridad que impusieron desde Europa e implantando un ranurado especial para facilitar la operatividad de las aeronaves en una pista tan corta, quedando con una pista con las siguientes distancias declaradas: > LDA (LANDING DISTANCE AVAILABLE) 1.427 metros > TORA (TakeOff Run Available) 1.591 metros > TODA (TakeOff Distance Available) 1.754 metros > ASDA (Accelerate Stop Distance Available) 1.591 metros Tras este recorte, no obstante, se limita la operatividad de la pista a unos pocos modelos de aeronaves comerciales y por ejemplo el operador principal del aeropuerto (Air Nostrum) que antes podía operar los Bombardier CRJ200 y CRJ900 y los ATR72, en la actualidad solo puede operar el último modelo.

Un gran paso para evitar los continuos desvíos a Bilbao que se venían produciendo asiduamente.

Autobuses: En el mismo aeropuerto hay un servicio de taxis en el aparcamiento, mientras que para acudir desde cualquier otra ciudad del territorio guipuzcoano basta con llamar a cualquier compañía de taxis del municipio en cuestión.

Para ir o venir del aeropuerto, se deberá hacer el transbordo en Irún, Rentería, Pasajes o San Sebastián, ya que son municipios por donde pasan las líneas de autobús que conectan con el aeropuerto.

Paralelamente, otros proyectos como vuelos con tarifa plana en las rutas de Madrid y Barcelona a través de una incipiente compañía aérea (flyboga)[8]​ comienzan su andadura En 2020 Air Nostrum es sustituida por Iberia regresando nuevamente en la línea con Madrid que pasa a ser operada por los Airbus A319 consiguiendo poco a poco cifras de pasajeros cercanas al 2019 con únicamente 2 frecuencias diarias y ganando en rapidez y calidad del servicio.

En 2021 se ha dotado al aeropuerto del sistema de aproximación por satélite RNP que conseguirá minimizar los desvíos por causas meteorológicas y mejorará la precisión en la aproximación tanto hacia la cabecera 22 como a la cabecera 04.