La aerolínea se fundó en 1994 y empezó a operar en diciembre de ese año.

Es decir, el poder conectar con más de 95 destinos propios del grupo (33 en España; 32 en Europa; 6 en África; 23 en América y 1 en Oriente Próximo), así como con los 56 que actualmente realiza en código compartido (18 en Europa, 31 en América, 1 en África y 6 en Oriente Próximo).

Ha obtenido varios premios, siendo la única regional europea (junto a Binter Canarias) en obtener 4 veces el premio, en su categoría Oro, a la Aerolínea del Año, otorgado por la ERA (European Regions Airline Association), y en obtener la Palma de Oro, distinción a perpetuidad, de la misma asociación, a la Excelencia Sostenida, única aerolínea que actualmente la posee.

Sus vuelos regulares operan bajo código de Iberia (vuelos con códigos IB8XXX), por lo general en rutas cuya demanda no justifica el uso de los aviones de mayor capacidad, o en rutas regionales que requieren una alta frecuencia, como las conexiones interislas en Baleares o Melilla con la península.

Este premio fue entregado en Washington y consolida a la aerolínea como una de las punteras en su sector.

La aerolínea franquiciada opera alrededor de 200 vuelos diarios[4]​ (no incluye vuelos chárter), entre las cuatro bases operativas de Barcelona, Bilbao, Madrid, Sevilla y Valencia.

La flota de Air Nostrum está constituida únicamente por aviones ATR 72-600, CRJ-200 y CRJ-1000.