[1]​[2]​ Fue fundada en 1570 por los jesuitas y, como tal, es nueve años más antigua que la Universidad de Vilna.

La biblioteca de Segismundo Augusto contenía las mejores obras clásicas, relatos de viajes, libros históricos, crónicas y literatura sobre ciencias naturales, derecho, militar y medicina publicada en el siglo XVI.

Muchos miembros del clero y la nobleza de Lituania también donaron libros a la biblioteca.

En 1781, la Universidad pasó a llamarse Head School of Lituania.

En 1804, el profesor Gottfried Ernest Groddeck fue nombrado director de la biblioteca.

En 1865 se convirtieron en el Museo y Biblioteca Pública de Vilnius.

Fue devastada durante la Primera Guerra Mundial y los libros fueron transportados nuevamente a Rusia.