La universidad en este momento carecía de una biblioteca formal.
En 1774 ya incluía 13.000 textos, pero en 1798 un terremoto hizo cerrar la biblioteca, que rápidamente reabrió sus puertas.
La biblioteca fue reabierta por la comuna en 1810,[1] recibiendo otros manuscritos procedentes del suprimido convento de Sant'Agostino.
En 1786, la biblioteca recibió obras procedentes de Santa Maria della Scala (Siena), entre ellas los preciosos Evangelios del leccionario bizantino (designados como ℓ 283 en la lista de Gregory-Aland) que forman parte del tesoro de la institución (X. IV.
[3] En 1935, la colección de la biblioteca se estimó en 120.000 volúmenes, 86.000 folletos, 820 incunables, 5226 manuscritos, 20.000 autógrafos y sellos.