Ha contribuido en gran medida a los esfuerzos por obtener una vacuna eficaz contra el VIH.

[8]​[9]​[10]​ Se convirtió en miembro visitante de la facultad en el Instituto Santa Fe en 1991, continuando en esa posición hasta 2011.

Su enfoque consiste en aplicar la biología computacional al diseño de una vacuna contra el virus del VIH/Sida.

[11]​ Varios años después, recordando este evento, describió sus efectos: «Odio el VIH [...] Perdí un par de amigos por esa enfermedad.

Su trabajo resultó en el diseño de vacunas que se probaron en ensayos clínicos.

[3]​[12]​ La creación de una vacuna contra el VIH ha sido un desafío porque el virus muta rápidamente, creando múltiples variantes que pueden no ser reconocidas por los componentes del sistema inmunitario específicos del virus infeccioso original.

[13]​ Dado que las proteínas del VIH varían tanto, la prueba de proteínas mosaico están diseñadas para representar las formas más comunes del virus VIH-1 que pueden ser reconocidas por anticuerpos o respuestas inmunes celulares (epítopos).

Además, Korber y sus colaboradores desarrollaron un análisis gráfico llamado Epigraph que puede generar antígenos prometedores con una mezcla de epítopos.

Luego, en colaboración con los Institutos Nacionales de la Salud, Janssen Pharmaceutical Companies —una división de Johnson & Johnson— y la Fundación Bill y Melinda Gates, los investigadores probaron una vacuna mosaico para la seguridad en humanos; pasó esta prueba también.

Ella declaró: «En un momento en que la amabilidad parecía rara, realmente aprecié su generoso espíritu y ánimo.

[12]​ En la historia del virus del VIH/Sida con respecto a cuándo y dónde se originó esta enfermedad, Edward Hooper postuló su teoría en el libro superventas titulado The River: A Journey to the Source of HIV and AIDS en 1999,[19]​ que el VIH podría haber pasado de los chimpancés a los humanos debido a una contaminación accidental por el virus SIV del chimpancé de la vacuna oral contra la polio (CHAT) utilizada en África en la década de 1950.

[22]​[23]​[24]​[25]​[26]​ Estos dos conceptos del origen de este virus y otras teorías relacionadas siguieron compitiendo por la credibilidad científica.