Se encuentra fundamentalmente en reptiles y aves (tetrápodos del clado Sauropsida); como excepción, también se encuentran en las escamas córneas de los pangolines.
[1][2][3] Se deposita en la capa córnea de la piel de los reptiles, lo que le confiere mucha más rigidez a la piel que la alfa-queratina a la de los mamíferos y la hace impermeable al agua, impidiendo la deshidratación del animal.
En las aves, las escamas, picos, garras y plumas contienen beta-queratina.
[5] Los cambios en las β-queratinas pudieron influenciar el desarrollo del vuelo.
(1999) mostraron que estas estructuras de tipo pluma estaban formadas por beta-queratina.