Gran parte del parque natural de Izki pertenece a Bernedo.

El municipio está formado por varios pueblos, que a su vez forman concejos: En la Reja de San Millán aparecen mencionadas bastantes de las poblaciones que componen el actual municipio.

Durante la Edad Media fue una plaza-fortaleza amurallada con castillo y torre almendrada.

Sancho el Sabio, rey de Navarra, le concedió sus fueros en el año 1182 y la nombró villa.

Durante tres siglos formó parte del Reino de Navarra.

Perteneció al Señorío de Vitoria como una entidad pública, no privada.

[2]​Hacia mediados del siglo XIX, el ayuntamiento tenía contabilizada una población de 586 habitantes.

Esta localidad es mencionada por primera vez con su actual nombre en un documento de 1257.