En 1620 participó del Concilio provincial en Buenos Aires, allí fue nombrado comisario delegado para la extirpación de las idolatrías, con este cargo Cárdenas viajo predicando por muchas provincias.

En la región de Yungas el capitán Gregorio Bolívar había iniciado una campaña para controlar a los indígenas de Zongo, Challama, Simaco y Chacayra pero estos se rebelaron y fue Cárdenas quien logró apaciguarlos en compañía de los sacerdotes Luis Ramos y Diego Ovando.

Con la llegada de Cárdenas la situación cambiaba y los jesuitas se sintieron desplazados, más aún con las ideas del nuevo obispo de reformar las Misiones jesuíticas guaraníes.

El obispo tenía sus propias opiniones en cuanto al mestizaje en aquella región, sostenía que los mestizos eran producto de la violencia hacia mujeres indígenas que eran incapaces de defenderse.

El gobernador llegó a apresar al obispo Cárdenas y lo expulsó de la región.

El Cabildo se reunió para designar un reemplazo y escogieron al obispo Cárdenas.

En 1657 se le ofreció el obispado de Huamanga pero Cárdenas lo rechazó.