Sin embargo, tras su interpretación como protagonista en la obra de Brecht Madre Coraje y sus hijos (1949), la compañía se separó del Deutsches Theater en noviembre de 1949 y se trasladó al histórico Theater am Schiffbauerdamm en 1954.
Luego de escapar del nazismo y ser hostilizado groseramente por el macartismo norteamericano, Brecht vuelve a Alemania en sus últimos años y funda entrando a los años 50 el Berliner Ensemble.
Las tensiones entre Brecht y la burocracia cultural de la RDA se repetirían luego en la historia del Berliner Ensemble.
Los censores (Sozialistische Einheitspartei Deutschlands) llegaron incluso a prohibir varias piezas, entre ellas, por ejemplo, Santa Juana de los mataderos y el filme de Brecht Kuhle Wampe (un homenaje a la libertad desde una puesta anárquica).
En el entorno del Berliner Ensemble trabajaron muchos conocidos y prolíficos artistas.