La berberina se encuentra generalmente en las raíces, rizomas, tallos y corteza.

La berberina presenta un intenso color amarillo, por lo que en el pasado las especies de Berberis se utilizaron para teñir la lana, el cuero y la madera.

Bajo luz ultravioleta, la berberina presenta un intenso color amarillo fluorescente,[3]​ por lo que se utiliza en la histología para teñir la heparina en los mastocitos.

Como medicina natural se estudian sus efectos contra el cáncer, la depresión clínica, y otras enfermedades como por ejemplo la diabetes.

[9]​ La berberina fue supuestamente utilizada como medicina popular por el legendario Shennong alrededor del 3000 a. C. Este primer antiguo uso de la berberina se describe en el antiguo libro de medicina china Clásico de las raíces y hierbas del Divino Granjero (神农本草经, Shénnóng běncǎo jīng) que se le atribuye.