Benzoilecgonina se utiliza como el principal ingrediente farmacéutico en el medicamento experimental Esterom,[2]​ una solución tópica usada para el alivio del dolor muscular.

[5]​ Un estudio realizado en el Reino Unido encontró rastros de benzoilecgonina en el suministro de agua potable del país, junto con carbamazepina (un anticonvulsivo ) y el ibuprofeno (un común antiinflamatorio no esteroideo), aunque el estudio destaca que la cantidad de cada compuesto presente era varios órdenes de magnitud inferior a la dosis terapéutica y por lo tanto no representan un riesgo para la población.

[6]​ Los estudios preliminares en los sistemas ecológicos demuestran que la benzoilecgonina tiene problemas potenciales de toxicidad.

[7]​ Se están realizando investigaciones sobre las opciones de degradación tales como oxidación avanzada y la fotocatálisis[8]​ para este metabolito en un esfuerzo para reducir las concentraciones en las aguas residuales y de superficie.

A concentraciones de relevancia ambiental, la benzoilecgonina se ha demostrado que tiene un impacto ecológico negativo.