[5] Como en el resto de la península de Yucatán, la porosidad del suelo hace imposible que existan corrientes fluviales superficiales en el centro del estado, existiendo únicamente cenotes y varias lagunas, la más importante de todas es la Laguna Nichupté y otras menores que la rodean, como la Laguna Bojórquez y la Laguna Río Inglés que se encuentran situadas entre la Isla Cancún (conformada por la Zona Hotelera de Cancún) y el continente, esta laguna es parte integral de la zona turística y en ella se prácticamente deportes acuáticos.[6] El clima registrado en el municipio y que está oficialmente clasificado como Cálido subhúmedo con lluvias en verano,[7] es tropical y favorece el enorme desarrollo turístico al ser ideal para las actividades de playa, la temperatura media anual es superior a los 26 °C en la franja costera e inferior a esta cifra en el interior del territorio,[8] y la precipitación pluvial media anual en la mayor parte del municipio es de 1,000 a 1,100 mm, en una franja al suroeste es de 1,100 a 1,200 y en el extremo suroeste es de 1,200 a 1,300 mm.Prácticamente la totalidad del municipio se encuentra cubierto por selva media,[10] siendo abundantes en árboles como el zapote, el ramón, así como el árbol del chicle, las zonas costeras de las lagunas se encuentra pobladas por manglares los cuales debido al desarrollo económico principalmente con fines turísticos han visto mermada su extensión y puesto en riesgo su supervivencia.Frente a las costas de Benito Juárez, se encuentra parte del llamado Sistema arrecifal Mesoamericano, de enorme diversidad biológica y que forma el parque nacional Arrecife de Puerto Morelos, por está situado frente a esta población y del parque nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc.En el extremo contrario, apenas 47 personas llegaron a Benito Juárez proviniendo del estado de Zacatecas.La carretera 307, conocida como Chetumal-Puerto Juárez, ingresa al municipio proviniendo del sur desde el municipio de Solidaridad, y terminar en la ciudad de Cancún, con mayor exactitud en la zona de Puerto Juárez al unirse a la Carretera 180, en toda la extensión del municipio es una autopista de cuatro carriles, dos por sentido y su recorrido es siempre en sentido norte-sur, une a Cancún con Alfredo V. Bonfil y Joaquín Zetina Gasca en el mismo municipio, y hacia el sur con el resto del estado de Quintana Roo, principalmente con la Riviera Maya y con la capital del estado, Chetumal.Puerto Morelos, localizado unos 40 kilómetros al sur de la ciudad, formaba parte del municipio hasta su separación en 2011.El principal medio de comunicación vía aérea del municipio es el Aeropuerto Internacional de Cancún, el principal del estado y uno de los de mayor actividad en México debido al polo turístico al que atienda, el aeropuerto recibe numerosos vuelos tanto nacionales como internacionales, los principales destinos nacionales son la Ciudad de México, Monterrey, Guadalajara, Tijuana, Toluca y Veracruz, mientras que internacionales son principalmente hacia Estados Unidos, como Miami, Nueva York, Los Ángeles y Chicago; y europeas como Madrid, Fráncfort del Meno y Londres.
