Se desempeñó como presidente municipal de Benito Juárez, con cabecera en Cancún, Quintana Roo.

Tras su detención, el también presidente estatal del PRD, se declaró preso político y aseguró que detrás su aprehensión estaban el entonces gobernador Félix González Canto, el exgobernador Joaquín Hendricks Díaz y el alcalde Francisco Alor Quezada.

"La detención de Juan Ignacio García Zalvidea es un asunto estrictamente jurídico."

Al estar jurídicamente impedido para competir por Senador, lo hizo su hermano José Luis García Zalvidea quien fue elegido este 2 de julio de 2006.

Así mismo se demostró que todo era una conspiración por parte del gobierno del estado y del Partido Revolucionario Institucional (PRI) para que no pudiera contender como candidato a la gobernatura ya que temían a que el fuera el ganador de estas elecciones.