En 1993 fue reelegida, pero en 1996 fue destituida de su cargo bajo la misma acusación, esta vez por el presidente Farooq Leghari.

Ella comenzó a sufrir numerosas persecuciones por parte del dictador Mohamed Zia ul-Haq, su lucha política representando al Partido Popular de Pakistán (PPP) la llevó a la cárcel en numerosas ocasiones.

Ella se convirtió en una líder en el exilio después de su regreso al Reino Unido, reemplazando a su madre como líder del PPP y la oposición pro democrática al régimen de Ziaul-Haq.

Ese mismo año, la revista "People" incluyó a Benazir Bhutto en su lista de las "50 personalidades más bellas".

Su partido promovió reformas legislativas para abolir la orden Zina solo durante el régimen del General Musharraf.

Estos esfuerzos fueron en vano, debido a que los partidos religiosos de derecha dominaban el Parlamento en ese momento.

Bhutto veía a este grupo político-religioso como un movimiento capaz de estabilizar Afganistán y que permitiría el acceso comercial a las repúblicas del Asia Central, de acuerdo con el autor Stephen Coll.

[10]​ Coll sostiene que el gobierno de Bhutto brindó apoyo militar y financiero a los talibanes, enviando algunas unidades del ejército pakistaní al país vecino.

Ejerció como líder de la oposición mientras Nawaz Sharif era primer ministro durante los siguientes tres años.

En octubre de 1993 se convocaron nuevas elecciones, la coalición del PPP ganó, y Bhutto volvió a su cargo.

Su esposo, Asif Ali Zardari pasó ocho años en prisión condenado por cargos similares de corrupción.

Zardari, liberado en 2004, denunció torturas en prisión, lo que posteriormente fue corroborado por grupos en defensa de los derechos humanos.

[11]​ Un informe del New York Times[12]​ indica que investigadores pakistaníes tienen documentos que mostraban una red de cuentas bancarias, todas vinculadas al abogado de la familia en Suiza, con Asif Zardari como el principal usuario.

El propietario de la compañía negó haber hecho pagos a Zardari y reclamó que los documentos fueron alterados.

En 1978 publicó Foreign Policy in Perspective ("Política exterior en perspectiva") y en 1989 su autobiografía Daughter of Destiny ("Hija del destino").

Hasta 2007, Bhutto vivió en Dubái, Emiratos Árabes Unidos, desde donde mantuvo contactos con el PPP y sus seguidores.

Su regreso a Pakistán estuvo enmarcado en un acuerdo con el entonces presidente Pervez Musharraf, quien promulgó una ordenanza que anulaba los casos de corrupción abiertos en su contra.

La ex primera ministra llamó a las protestas generalizadas, encabezadas por el Partido Popular Pakistaní (PPP).