El manuscrito se realizó en dos épocas diferentes mostrando dos partes distintas de redacción y decoración.

La primera, realizada en la provincia de León, data del último cuarto del siglo X (hasta el folio 228).

En esta parte más antigua se muestra un pergamino de menor calidad, reflejo de los tiempos difíciles atravesados por el monasterio.

Probablemente tuvo lugar en el monasterio de San Millán de la Cogolla (La Rioja) y que le da nombre.

Por otro lado, el manuscrito contiene 48 miniaturas en las primeras 228 páginas y solo 1 en las últimas 54.