En su recorrido por el valle recibe multitud arroyos y regatas como Orabildea, Urrizate o Bearzu.

La vegetación natural pertenece a la provincia atlántica de la región euro-siberiana.

Antes de la acción antrópica, que ha sido intensa sus montañas estarían principalmente cubiertas por hayas, sus partes bajas por robles y en la zonas intermedias por castaños princiapalmente junto con otras especias arbóreas caducifolias, como fresnos y avellanos.

En los alrededores de los ríos, se encuentran alisos (Alnus glutinosa), sauces, chopos y fresnos.

[6]​ Entre los mamíferos que habita el valle se pueden encontrar: zorros, jabalíes, ciervos, corzos, ardillas, y como curiosidad se puede destacar la presencia de coipus, un mamífero originario de Sudamérica, que se asentó hace unos pocos años en las orillas del río Baztan procedente de una granja francesa.