En ambas series la base argumental es que en algún lugar distante del universo existe una civilización humana que vive en unos planetas llamados Las doce colonias de Kobol, las cuales permanecen en un débil armisticio con una raza de robots llamados Cylon, quienes, con ayuda del científico humano llamado Gaius Baltar (Conde Baltar en la serie original; Doctor Gaius Baltar en la nueva versión), lanzan un ataque nuclear imprevisto y coordinado, devastando los planetas y exterminando sus poblaciones.
Por otro lado, cada capítulo tiene un argumento propio, muchas veces autónomo respecto al arco argumental de la serie.
La flota militar humana es completamente destruida, salvo una nave de combate especialmente blindada, la Battlestar Galactica, al mando del Comandante Adama (Lorne Greene).
Richard Hatch ("Apolo"), tras su paso por Battlestar Galactica, llegó a escribir siete novelas sobre el universo imaginario en que se ambientaba la primera temporada de la serie, la última en 1997.
Si bien no tuvo el éxito esperado, otro estudio compró la idea para hacer un "remake", que se convertiría en Battlestar Galactica (Reimagined Series).
Como honor especial, a Richard Hatch se le dio el papel de Tom Zarek, un secundario recurrente, con una importancia fundamental en determinados episodios.
Galactica, debido precisamente a su vejez y a la obstinación del Comandante Adama, no contaba con sistemas informáticos integrados, lo que le permitió no sufrir el virus con el que los Cylon eliminaron todas las defensas coloniales (humanas) antes del bombardeo nuclear.
A bordo se encontraba para la ceremonia una representante del Gobierno, la secretaria de Educación Laura Roslin (Mary McDonnell), a la sazón la única superviviente del gobierno, que es por ello nombrada Presidente de las Colonias cuando el presidente y todos los demás representantes han muerto.
Durante los primeros episodios el comandante Adama descubrirá que los Cylon tienen forma humana, y pueden ser cualquiera.
Estos webisodios mostraban al futuro almirante Adama cuando era un joven piloto durante una misión en la primera guerra contra los Cylon.
En el aspecto puramente argumental, existen tres cambios mayores en la segunda serie: La franquicia también ha dado lugar a un juego de mesa propio.