La batalla se libró debido a la incursión del grupo Sannin de Miyoshi, pertenecientes al Clan Saitou, estaban dirigidos por el mismo Tatsuoki, que era el líder del clan, contra el templo, con la intención de acabar con el shogun Ashikaga Yoshiaki, aprovechando la ausencia de Oda Nobunaga, quien era su protector en ese periodo.
La idea inicial de ataque fue la de atacar rápidamente al templo, para así subyugar la poca resistencia que pudiese haber y matar al decimoquinto shogun lo más rápido posible, lo que les acercaría a su plan de poner un shogun marioneta de su propio clan.
Los Saitou tenían preparados una cantidad muy alta de arqueros preparados para asesinar a cualquiera que huyese del recinto, cosa con la que contaban que el Shogun intentase, pero "Juubei", al ver esta estrategia, reunió a los pocos defensores que quedaban y los motivó a aguantar un asedio que prometió que duraría 3 días, aunque las señales indicaban un mínimo de 5 hasta que las fuerzas de Oda Nobunaga llegasen a Kioto, en 3 días, y preparasen la batalla, lo que costaría 1 o 2 días más.
Como si esto no fuese poco, Akechi Mitsuhide mandó emisarios para pedir ayuda a otros clanes menores del lugar aliados a los Oda.
Para cuando las fuerzas de Oda Nobunaga llegaron a la batalla el tercer día, esta ya había finalizado con una sonada derrota del Clan Saitō.