La ciudad reemplazó a Nagaoka-kyō, y fue construida en 793 por orden del Emperador Kanmu, a manos de Fujiwara no Ogurimaru.
[1] La ciudad se asentaría sobre un valle y sería trazada en forma de un tablero similar al ajedrez, imitando a la capital china de la Dinastía Tang, Chang'an.
El palacio principal estaría en un rectángulo interno en la parte norte de la ciudad.
La designación de la palabra Kyōto ("capital" o "residencia imperial") no era oficial al momento de su inauguración, pero el nombre se extendió desde finales del siglo XI, llegando a desplazar al nombre original.
En 1868, después de producirse la "Restauración Meiji", la capitalidad del país fue trasladada a Tokio.