La flota holandesa sufrió graves daños durante el ataque, lo que les obligó a retirarse con muchas bajas, y abandonar el plan de invadir Filipinas.

El primer escuadrón neerlandés en llegar a Filipinas estaba al mando de Oliverio van Noort.

Cinco días después, el 5 de diciembre, otro terremoto tan violento como el primero sacudió la ciudad.

Aunque no se registraron muertes, las estructuras inestables restantes dañadas por el primer temblor fueron totalmente destruidas.

Los pueblos nativos fueron completamente arrasados, ya que sus chozas construidas con bambúes y hojas de palma fueron destruidas.

Los dos navíos restantes con Antonio Camb en la nave capitana llegaron hasta Zamboanga y bombardearon la fortaleza de Caldera desde el agua, pero teniendo en cuenta su fuerte resistencia, los corsarios decidieron desembarcar sus tropas en los alrededores de la fortaleza para un posterior asalto por tierra.

Altos mandos españoles en Puerto San Jacinto convocaron un consejo de guerra y decidieron que los dos barcos no deberían participar en batalla para ahorrar munición y fuerzas hasta la llegada del galeón San Luis procedente de Méjico para poder protegerlo a toda costa.

El enfrentamiento entre las flotas española y holandesa continuó durante un lapso los 31 días que ambas armadas esperaban la llegada de San Luís.

Sin embargo, era ya el 24 de julio y no había señal alguna del San Luis.

Así pues los holandeses decidieron levantar el asedio y finalmente tomar la ruta a Manila.

La almiranta Rosario estaba fuera del círculo de los holandeses y procedió a disparar libremente desde atrás provocando una gran destrucción.

A medida que el barco enemigo se hundía, los hombres en el buque insignia español gritaron "Ave María!"

Se congregó una gran parte de la población y fueron aclamados como héroes durante el recorrido.

Lo que no sabían los españoles era que una tercera escuadra holandesa había entrado ya en aguas filipinas por el mes de septiembre para, como marcaba el plan ideado por los holandeses, después del monzón unir los tres escuadrones y atacar todos juntos Manila.

A su vez, la tercera escuadra holandesa desconocía las otras dos ya habían sido derrotadas y se batían en retirada al puerto de Batavia.

Al ver que el San Diego no era un buque de guerra, los corsarios holandeses levaron anclas y lo persiguieron atacaron con furia.

El San Diego escapó a duras penas de los holandeses, y se retiró hacia Mariveles.

La capellanía en la Encarnación fue guardada por los dominicos; los franciscanos fueron asignados en el Rosario y un fraile agustino fue designado a la galera.

Navegando un poco más hacia Mindoro, los españoles avistaron los corsarios holandeses, entre las Ambil y Isla de Lubang.

El viento estaba en contra de la armada española, así que esta tenía mucha dificultad para acercarse al enemigo.

Alrededor de las 09:00, la corriente hizo que el Rosario la llevara irremediablemente hacia el enemigo y este se encontró rodeado por los tres barcos holandeses.

La Encarnación tuvo serias dificultades para acercarse al Rosario para echar una mano, y durante cuatro horas, la nave almirante luchó en solitario furiosamente contra los tres navíos holandeses, tanta fue la determinación que obligó a los corsarios a retirarse tomar refugio en los bancos de arena cerca de Cape Calavite.

El buque insignia enemigo tenía 20 cañones por cada lado, sin incluir los de atrás y en el alcázar, 45 en total.

El tercer barco parecía ser un brulote debido a su rapidez y los elementos de pirotecnia que llevaba.

Así pues, esperó a que los holandeses se acercaran sin levantar el ancla, pero aflojó el cable con una boya.

En ese momento, el general López ordenó desplegar todas las velas y con los cables atados a las boyas del ancla, controlar el movimiento de la nave insignia en la fuerte corriente.

La Encarnación iba de un lado a otro disparando violentamente contra los tres barcos holandeses, todos ellos iban en dirección opuesta al desvalido San Pedro como bien había planeado López.

Durante su huida, el viento de repente se detuvo, dando oportunidad a la galera, bajo el mando del almirante Esteyvar, atacar el buque insignia holandés.

Aunque superados en todos los aspectos, la galera disparó sin cesar contra el buque holandés "con tanta furia que el enemigo se consideraba perdido", entre eso y la ausencia de viento, la desesperación era máxima y "los hombres trataron de tirar por la borda."

No hubo bajas en la galera española, sin embargo, cuatro hombres resultados muertos en la Encarnación.