El general de división Sterling Price comandaba la expedición, e inicialmente esperaba capturar San Luis, aunque una temprana derrota en la batalla de Pilot Knob le hizo abandonar este plan.

Los hombres de Price se retiraron, pero fueron acosados durante gran parte del camino por la persecución de la Unión; la retirada llegó finalmente a Texas, aunque la persecución no llegó tan lejos.

Sin embargo, el estado estaba dividido políticamente: El gobernador Claiborne Fox Jackson y la Guardia Estatal de Misuri (MSG) apoyaban la secesión y a los Estados Confederados de América, mientras que el general de brigada Nathaniel Lyon y el Ejército de la Unión apoyaban a los Estados Unidos y se oponían a la secesión.

En ese momento, la Confederación tenía muy pocas posibilidades de ganar la guerra.

[5]​ Mientras tanto, en el Teatro Trans-Misisipi, los confederados habían derrotado a los atacantes de la Unión durante la campaña del Río Rojo en Luisiana, que tuvo lugar de marzo a mayo.

Sin embargo, esto resultó imposible, ya que la Armada de la Unión controlaba el río Misisipi, impidiendo un cruce a gran escala.

Price y el gobernador confederado de Misuri, Thomas Caute Reynolds, sugirieron que una invasión de Misuri sería una ofensiva eficaz; Smith aprobó el plan y nombró a Price para comandar la ofensiva.

Sin embargo, varios miles de estos hombres estaban mal armados, y los 14 cañones del ejército eran más pequeños de lo que era habitual en la época, lo que limitaba su alcance y eficacia.

[12]​ A su vez, Price determinó que Jefferson City era demasiado fuerte para atacarla, y comenzó a avanzar hacia el oeste siguiendo el curso del río Misuri.

Boonville formaba parte de una zona pro-confederada conocida como Little Dixie, y muchos hombres, entre ellos Bloody Bill Anderson y sus guerrillas, se unieron a los confederados; Price destinó a Anderson a operar al norte del cuerpo principal para hostigar el Ferrocarril del Norte de Misuri.

[15]​ El día 11, Sanborn se trasladó al norte y escaramuzó con los confederados, que abandonaron la ciudad al día siguiente y continuaron hacia el oeste en dirección a Marshall.

La segunda estaba dirigida por el general de brigada John B. Clark Jr.

Clark y Jackman fueron seleccionados para la operación, ya que eran residentes locales.

[20]​ La guarnición de la Unión era inicialmente una pequeña fuerza bajo el mando del Capitán John E.

Una vez liberados los barcos, se dirigieron río abajo hasta Glasgow, donde descargaron tropa y suministros.

Contrariamente a los rumores escuchados por Clark, el West Wind no estaba blindado ni armado.

Glasgow era una ciudad en lo alto de una colina, lo que proporcionaba cierta ventaja a los defensores.

[28]​ En su informe posterior a la batalla, Harding declaró que sus hombres habían sido flanqueados a ambos lados de su línea[29] Las tropas de la Unión retrocedieron hasta Glasgow, donde recibieron el fuego de la artillería confederada en el lado opuesto del río, que esta vez fue más eficaz.

[28]​ Harding informó que la línea dentro de Glasgow estaba anclada en un promontorio en un flanco, y en una escuela en el otro.

Mine Creek, en particular, fue desastrosa para los confederados, ya que varios cañones y 600 hombres fueron capturados durante el combate.