Según datos del subcoronel británico Clutterbuck, Bakú fue defendida por 22 batallones armenios y rusos, con un total de 9151 fusiles.

Según Clutterbuck, la desconfianza entre rusos y armenios hacía imposible la cohesión de esas fuerzas.

Para el puesto de comandante del Cuerpo Musulmán sería designado el general teniente Aliaga Şıxlinski.

El coronel Konstantín Konopoliov, que de alguna forma había evitado la detención, consiguió reunirse con el general Talyshinski.

[21]​ La misma orden definía, asimismo, los centros de reclutamiento para las otras unidades del cuerpo: Elizavétpol, Quba, Najicheván, Ağdam, Lankaran, etc.

[25]​ Según la información aportada por Tadeusz Świętochowski, el número de tropas del Ejército Islámico del Cáucaso oscilaba estaba en torno a 16-18 mil, de los cuales solamente una tercera parte eran militares turcos, mientras que el resto, en su mayoría, eran milicianos azeríes sin preparación militar suficiente.

Además, según Dunsterville, el Ejército Islámico del Cáucaso contaba con muchos oficiales rusos que se habían incorporado a sus filas para luchar contra los bolcheviques e impedir la toma de Bakú por tropas alemanas.

En este contexto el Comisariado Transcaucásico reiteró su disposición a negociar y propuso Trebisonda para la reunión.

Extenuados por los combates, los soldados del Ejército Rojo emprendieron una retirada general en todo el frente junto a los destacamentos de dashnáks.

En palabras del historiador norteamericano Firuz Kazemzadeh "en mayo de 1918 Bakú llegó a ser una isla bolchevique en un mar antibolchevique".

[48]​ Fragmento del telegrama enviado el 27 de julio por Shaumián a Lenin: En aquellos días llegó a Bakú por vía marítima desde Astracán un gran cargamento de armas y municiones que incluía 3 blindados, 80 cañones, 160 ametralladoras, 10 mil fusiles y 200 mil cartuchos.

El coronel Avetísov, jefe del cuartel, se pronunció a favor de una inmediata rendición.

Las autoridades británicas estaban muy preocupadas por la posibilidad de que los alemanes o los turcos establecieran su control sobre los campos petrolíferos de Bakú y eventualmente avanzaran hacia Asia Central poniendo en peligro las posesiones británicas en la India y otros países limítrofes.

Sin embargo, en aquel momento la ciudad estaba bajo el control de sublevados que no quisieron recibir a los británicos.

Allí las unidades bolcheviques fueron desarmadas y más tarde enviadas en esos mismos buques a Astracán.

La Dictadura del Caspio Central había tomado la decisión de someterlos a un tribunal militar y juzgar por deserción.

La Conferencia de Comités Fabriles aprobó una resolución de apoyo a la Dictadura del Caspio Central en la que los comisarios eran denunciados como “traidores y enemigos del pueblo” que se habían retirado en un momento difícil para el frente, intentando llevarse armas, pertrechos y alimentos necesarios para la defensa.

La disciplina era prácticamente inexistente, las órdenes de los comandantes se incumplían y las unidades abandonaban las posiciones a su antojo llevándose las armas.

Un 70 % de los soldados votaron por desobedecer y entonces el restante 30%, que sí quería marchar al frente, abrió fuego contra ellos.

Según Surén Shaumián el número total de los efectivos soviéticos que aún permanecían en Bakú no superaba los tres mil hombres.

Tras duros combates las unidades turcas se vieron obligadas a dejar con graves pérdidas las posiciones conquistadas.

Los ingleses rechazaron cuatro ataques pero finalmente, al no haber recibido apoyo de las unidades armenias, se vieron obligadas a retroceder.

Según Dunsterville se trató de un ataque muy decidido y, si estas posiciones hubieran estado ocupadas por fuerzas del Caspio Central, la ciudad habría sido tomada.

Los ingleses lanzaron una unidad desde Digah pero, al llegar a Binəqədi, descubrieron que los soldados armenios habían abandonado todas las posiciones.

[3]​ Sin embargo, los dirigentes de la Dictadura del Caspio Central prohibieron a los ingleses abandonar la ciudad y amenazaron con bombardear sus buques.

Los ingleses movilizaron todas las fuerzas que pudieron reunir pero no sabían desde dónde daría comienzo la ofensiva.

El 14 de septiembre, al amanecer, la artillería turca lanzó un bombardeo sobre la ciudad desde todas las posiciones.

Las tropas turcas rompieron la defensa en Volch’i Borota y ocuparon las alturas que dominaban la ciudad.

Los líderes bolcheviques que quedaban en libertad consiguieron liberar a los recluidos comisarios de Bakú y zarparon en el vapor Turkmén.

Al principio el buque se dirigió a la controlada por los bolcheviques Astracán pero la falta de combustible hizo que cambiara el rumbo a Krasnovodsk donde los comisarios fueron detenidos y fusilados por los eseristas locales que veían en ellos un peligro de propagación del bolchevismo en la región.