El batallón acudió a diversas acciones de guerra que culminarían durante la Guerra de Intervención Estadounidense.
El Batallón participó en la Batalla de Cerro Gordo y en la Batalla de Chapultepec.
En ella sobresalió su jefe, el teniente coronel Felipe Santiago Tetlalmatzin Saldaña, quien defendió con alrededor de 400 hombres del batallón el Colegio Militar, batalla en la que perecieron la mayoría de sus hombres incluido él mismo.
La Bandera del H. Batallón de San Blas fue enarbolada durante uno de los hechos más sobresalientes de la historia de México, por ser tan representativa, la bandera es el emblema oficial desde 1947 del Museo Nacional de Historia ubicado en el Castillo de Chapultepec.
Como caso probablemente único, la vieja insignia del Batallón de San Blas tiene colocados los colores en sentido inverso, es decir; rojo, blanco y verde.