Las bases orgánicas son generalmente, pero no siempre, aceptores de protones.

Las aminas y los compuestos heterocíclicos que contienen nitrógeno son bases orgánicas.

Ejemplos incluyen: Si bien todas las bases orgánicas se consideran débiles, (excepto en algunos casos como R-), muchos factores pueden afectar la resistencia de los compuestos.

En las guanidinas, la forma protonada (guanidinio) tiene tres estructuras de resonancia, lo que le confiere una mayor estabilidad y hace que las guanidinas sean bases más fuertes.

El hidróxido de colina, por ejemplo, es metaestable y se descompone lentamente para liberar trimetilamina.