La basílica, fundada durante la época bizantina por el papa Pelagio I en la época de Narsés (siglo VI), conserva las reliquias de los apóstoles San Felipe y Santiago el Menor.

En 1348 fue destruida por un terremoto, y no fue restaurada hasta el siglo XV, a iniciativa del papa Martín V, perteneciente a la familia Colonna, que llevaba siglos habitando en la zona.

En 1702, el papa Clemente XI encargó la restauración íntegra del edificio a Francesco Fontana, que murió prematuramente en 1708. le sucedió el padre Carlo Fontana, ya muy anciano, que falleció en 1712 siendo sustituido por Nicola Michetti.

Desde 2008 son visibles los frescos de la capilla Bessarione, en un espacio situado entre la iglesia y el palacio adyacente; dichos frescos están atribuidos a Antoniazzo Romano, Melozzo da Forlì y sus respectivos talleres.

Este espacio fue casualmente descubierto en 1959 durante unas obras realizadas en el palacio.