La basílica fue construida entre 1087 y 1197 durante el dominio ítalo-normando de Apulia en la zona que antes era el catapanato bizantino del cual Bari era sede.Una nueva iglesia fue construida para albergar los restos de Nicolás y Urbano II estuvo presente durante la consagración de la cripta en 1089.Finalmente, el edificio fue consagrado oficialmente en 1197 con la presencia de importantes autoridades civiles y religiosas, y Elías, abad del cercano Monasterio de San Benito, fue nombrado arzobispo, y su cátedra aún está en la basílica.En 1951 la Santa Sede encomendó a la Orden de Predicadores la atención pastoral del templo[2] que, en 1968 fue elevado a la categoría de basílica papal.[3] Desde entonces el templo ha adquirido un papel destacado en las actividades ecuménicas apoyándose a la devoción a San Nicolás de los fieles de las iglesias orientales.
