Originalmente se ubicaba junto al Río San Juan de Dios.

Así, el Barrio de San Juan de Dios, fue también la primera zona industrial y agrícola, ya que toda la banda oriental del río fue dividida en grandes solares, que los primeros pobladores españoles transformaron en huertas.

Durante la guerra de los Tres Años, fue utilizado el convento como cuartel y al ser abierta la actual calle Javier Mina, desapareció la mayor parte del convento, quedando en pie solamente el ala derecha del viejo claustro que conserva una labrada arquería sobre anchas columnas.

Este barrio ha sido objeto de muchas transformaciones, puesto que para el año de 1888, se construyó ya en forma el primer Mercado San Juan de Dios y en 1925, se tiró el viejo mercado, se levantó uno nuevo y también se entubó el Río San Juan de Dios.

Cabe señalar que en este barrio residiera la primera Plaza de Toros "El Progreso".