En España la mayoría de las observaciones se han realizado en la mitad septentrional, se halla presente en las Islas Baleares, en la isla de Mallorca y en Canarias, en las islas de Tenerife y La Gomera.Se conocen dos núcleos poblacionales, interrelacionados con la especie Myotis bechsteinii, en las Sierras de Cazorla, Segura, Las Villas, Castril y Huéscar, donde la distribución se puede considerar continua, y la Sierra de Baza.[2] Las poblaciones de las Islas Canarias se incluyen en la subespecie Barbastella barbastellus guanchae.Especie citada habitualmente en zonas montañosas y no especialmente asociado a zonas forestales, se refugia tanto en árboles, como en casas y refugios subterráneos, en este último caso sobre todo en invierno.No obstante las colonias de murciélago de bosque suelen cambiar con frecuencia de emplazamiento y por esto se verán menos afectadas que otras especies que utilizan estos refugios de forma más estable (p. e. rinolófidos, Myotis emarginatus).
