La bandera es similar a las banderas del Partido Baaz, Jordania, Palestina, el Reino de Irak y la Federación Árabe, todas las cuales se inspiran en la revuelta árabe contra el dominio otomano (1916-1918).

[3]​ A finales del siglo XIX, el Sáhara Occidental se convirtió en colonia española.

Durante la provincia española del Sahara la única bandera oficial era la bandera de España, sin embargo, a la provincia marítima de Villa Cisneros, que corresponde al actual territorio del Sahara Occidental, se le asignó una bandera corneta que constaba de dos franjas, azul la superior y amarilla la inferior.

El Frente Polisario rechazó esto y declaró en el exilio a la República Árabe Saharaui Democrática (RASD) como Estado representante de un Sáhara Occidental independiente.

[6]​La bandera del Sáhara Occidental está representada como la secuencia de emoji Unicode U+1F1EA 🇪 REGIONAL INDICATOR SYMBOL LETTER E y U+1F1ED 🇭 REGIONAL INDICATOR SYMBOL LETTER H, haciendo "🇪🇭".