Tras ser juzgado por el Tribunal del Santo Oficio en 1541, recibiendo una pena leve, volvió a Trancoso donde pudo morir alrededor de 1556.En 1815 se editó una nueva edición con el título Trovas Inéditas do Bandarra y entre 1822 e 1823 otra con el título Verdade e Complemento das Profecías.Las Trovas de Bandarra influenciaron el sebastianismo (la idea de que el rey don Sebastián volvería algún día a regir a la nación portuguesa) el jesuita António Vieira y del poeta Fernando Pessoa.El jesuita António Vieira descubrió en los versos de Bandarra pruebas para su idea de un Imperio Universal en el cual cristianos y judíos estarían unidos en una Nueva Iglesia, idea a la que puso el nombre de Quinto Imperio.Así, ante la Inquisición, para defender y justificar sus argumentos: Citó al doctor Gregorio Lopes de Almeida que imprimió en el año 1643 un libro titulado Restauración de Portugal prodigiosa, aprobado por el Santo Oficio, en el cual dice:
