El municipio tiene 5 distritos: Banabuiú(sede), Laranjeiras, Piedras Blancas, Rinaré y Sitiá.
El municipio está localizado en la cuenca hidrográfica del río Banabuiú y en su lecho está construido la Represa Arrojado Lisboa, o Banabuú, como es más conocida.
Otras fuentes hídricas son los riachos Cruxoti y Pimenta.
Banabuiú (municipio) se encuentra en la subcuenca hidrográfica del mismo nombre, perteneciendo a la cuenca del río Jaguaribe, siendo por lo tanto un gran acumulador de agua a través de los cursos de agua que llegan a su río principal "Banabuiú".
Pero podemos encontrar áreas de marañones, en especial a lo largo del río.