[2]​[3]​ Las tortugas carey residen en la Bahía durante todo el año, usando los canales del estero para alimentar y aparear.

[5]​ La biodiversidad acuática se refleja en la riqueza de especies presente en grupos como peces, crustáceos, equinodermos, corales, gorgonias, entre otros.

La especie más frecuente de observar es Leptogorgia alba, Sin embargo, también se ha registrado L. laxa, L. diffusa y L. taboguillae.

Además es utilizada por la tortuga Carey (Erethmochelys imbricata) durante su periodo de anidación.

No obstante, toda esta biodiversida se ve amenazada debido a la fragmentación de la zona.

Los fondos duros se conforman por arrecifes rocosos, arrecifes artificiales, gaviones, muelles, etc. Entre los organismos presentes se encuentran las esponjas marinas, hidrozoos, antozoos como el coral blando Leptogorgia rigida y género Coenocyathus sp.

[10]​ Existen algunas ciudades como Puerto El Triunfo y numerosas comunidades rurales distribuidas a lo largo de la bahía.

Únicamente el 54% del municipio tiene acceso a fuentes mejoradas de agua[11]​