En 1992 se construyó en San Fernando el centro comercial y hotel Bahía Sur en terrenos de las salinas.
Diez años después, cuando se había llevado a cabo el soterramiento de las vías férreas en Cádiz como primer paso para la duplicación y mejora del trazado de la línea Cádiz-Sevilla, se planteó la ejecución de un soterramiento en San Fernando, condenando a la desaparición a la estación principal del municipio.
Para no interrumpir el tráfico en la línea, se fueron poniendo en servicio las nuevas vías una por una a la vez que se iba desmantelando la antigua, siendo la vía 4 actual la última en ponerse en servicio y la vía 3 la primera.
Tres Alvia diarios en ambos sentidos con parada en la estación unen San Fernando con Cádiz y Madrid pasando por Sevilla, Córdoba o Ciudad Real.
Todos los trenes MD de la línea 65 que opera Renfe se detienen en la estación.