Fue coronado tras la súbita muerte de su padre, el rey Jorge I, cuando solo tenía ocho años.Como muchos gobernantes medievales del Cáucaso, tomó prestado varios títulos bizantinos, en particular, los de nobelissimos, curopalates y sebastos.Todavía estaba dentro de las posesiones bizantinas cuando Basilio falleció y fue sucedido por su hermano Constantino VIII.Constantino ordenó que el príncipe volviera, pero el correo imperial no pudo alcanzar a Bagrat, quien ya había llegado al reino de Georgia.Varios nobles georgianos desertaron con los bizantinos, pero los súbditos leales de Bagrat sostuvieron una lucha tenaz.Mariam también le trajo una princesa bizantina como esposa, Elena, quien era hija de Basilo Argyropoulos, hermano del emperador Romano.Cinco años después, siguiendo el consejo del eristhavi de Kldékari, Bagrat accedió a poner fin al emirato y sitió Tbilisi.Bagrat marchó contra Kldékari, pero Liparit, que tenía la ayuda de los bizantinos, resistió.Durante los siguientes años se produjeron numerosos combates, de los cuales Liparit y sus aliados griegos salieron casi siempre ganadores.En 1064, los selyúcidas irrumpieron en el sur de Georgia, saquearon y ocuparon Akhalkalaki (Ciudad Nueva), fundada un año antes en la Yavajetia (Javakheti).En 1069, Alp Arslan, sultán de los selyúcidas, invadió Georgia oriental y Pariburz se convirtió al Islam.En 1070, Bagrat marchó contra Fadlun, le derrotó y sometió al emir de Tbilisi, obligándole a pagar tributo.