Se ha entendido tradicionalmente que en la villa de Baños de Molgas se hallaba una mansión romana conocida como "Salientibus" que se menciona en el itinerario Antonino; en todo caso el puente romano y los hallazgos arqueológicos encontrados en sus alrededores acreditan la presencia romana, fomentada por la existencia de aguas termales.

Este presunto pasado romano quedó demostrado con el hallazgo en 2011 de unas inscripciones cuya autoría se concede a Antonio Flavio, un varón de cargo desconocido que vivió durante la época imperial.

El estudio del mensaje grabado, realizado por Manuel Vidán Torreira, ha concluido que sobre la piedra pueden leerse las palabras "Ninfas de Molgas".

Baños de Molgas, como su nombre toponímico bien indica, destaca fundamentalmente por sus aguas termales y su balneario.

El municipio debe su nombre a Roma, “Balneos Mollicas” (baños suaves y sedantes).

Junto al Santuario hay un enorme edificio de piedra, antiguo colegio-seminarista.