Años más tarde construyó, tal y como deseaba, una villa a la que llamó "San Michele" en el punto más alto de la isla de Capri, en el lugar que ocupara anteriormente la villa del emperador romano Tiberio.
Munthe pasó la mayor parte de su vida adulta en "San Michele" dónde, salvo breves períodos, residió 56 años.
En 1880 a los 23 años con su tesis sobre ginecología y obstetricia se convirtió en el doctor en medicina más joven de Europa.
Axel Munthe fue un hombre cosmopolita que hablaba varios idiomas fluidamente, sueco, inglés, francés, italiano y algo de alemán.
Siguiendo los deseos expresados por Munthe en su testamento, desde los años 50, estudiantes y artistas han sido invitados a hospedarse en la villa para realizar sus proyectos.