Actualmente no tiene flota propia y sus destinos nacionales e internacionales son operados por Avianca El Salvador.
Durante y después del huracán Mitch, Isleña jugó un gran papel en ayuda humanitaria que tanto se necesitaron durante esos difíciles días.
Pero no solo en situaciones adversas, como la fue el huracán Mitch, Isleña ha contribuido para ayudar a las personas.
El gran éxito de Isleña se debió a que siempre se conservó como una empresa familiar, administrada hasta la compra por parte de Avianca por la familia Alvarado.
Tras su compra por Avianca, Isleña se unió a la segunda aerolínea más grande y más importante de toda América Latina, haciendo presencia en la gran mayoría de los países del continente americano y del continente europeo.