El Atlántida empezaba un largo andar, para llegar a ser considerado en una época como el club de los millonarios y así codearse con sus vecinos Sol de América, Nacional y Cerro Porteño, afincados todos ellos en el populoso Barrio Obrero.
Al año siguiente volvió a salir campeón de la Segunda División y ascendió.
En esa segunda fase el club terminó en la tercera posición de su grupo y no pudo clasificar al cuadrangular final.
[14][15] En la temporada 2018 terminó en el 10.º puesto, con resultados mixtos y un buen promedio, asegurando así su permanencia en la categoría.
[17] En la temporada 2020 todas las actividades futbolísticas se suspendieron debido a la pandemia de covid-19, por lo que esto golpeó significativamente la economía del club.
[18] En la temporada 2021 culminó en el puesto 13, con resultados no tan buenos y estando cerca del descenso.
[23] Grandes figuras aparecieron en el Atlántida, como el Eulogio Martínez, que luego pasó al Libertad para deslumbrar en el mejor equipo del siglo XX, con la máquina liberteña (años ´50).
Eulogio Martínez logró viajar a España para enrolarse con el Barcelona y ser llamado el "abrelatas", además de conseguir integrar la selección española (al ser nacionalizado) y jugar en el Mundial de Chile 1962.
Más adelante aparecieron otras figuras como Paulo Da Silva, Víctor "Topo" Cáceres, Pablo Velázquez, entre otros.